در نظام رتبهبندی لایدن دانشگاههای برتر دنیا براساس شاخصهای معتبر علمسنجی مورد بررسی قرار میگیرند؛ شاخصهایی که در ۹ حوزه تقسیمبندی شده و دو معیار کلی یعنی مرجعیت علمی و دیپلماسی علمی مدنظر این لایدن قرار میگیرد، هرچند این نظام برای ارزیابیهای تولیدات علمی در سالهای ۲۰۱۳ تا ۲۰۱۶ از پایگاه اطلاعاتی Web of Science استفاده میکند، اما در بحث مرجعیت علمی شاخصهایی چون مقالات یک درصد برتر، مقالات پنج درصد برتر، مقالات ۱۰ درصد برتر و مقالات ۵۰ درصد برتر مورد بررسی قرار میگیرد. در حوزه دیپلماسی علمی نیز شاخصهای همکاری علمی، همکاری بینالمللی، همکاری صنعتی، همکاری علمی با فاصله جغرافیایی کمتر از ۱۰۰ کیلومتر و همکاری علمی با فاصله جغرافیایی بیشتر از ۵۰۰۰ کیلومتر مورد ارزیابی نظام رتبهبندی لایدن قرار میگیرد.
براساس آنچه محمدجواد دهقانی، سرپرست ISC از شاخصهای مدنظر نظام رتبهبندی لایدن میگوید «بررسی دانشگاههای کشور در رتبهبندی لایدن حاکی از آن است که هرساله عملکرد آنها در حال رشد بوده است. ایران همچون سالهای گذشته در بین کشورهای اسلامی رتبه نخست را به لحاظ تعداد دانشگاه برتر در اختیار خود دارد. همچنین ایران نسبت به دیگر کشورهای منطقه همچون عربستان، ترکیه و مالزی بیشترین رشد تعداد دانشگاه در بین دانشگاههای برتر دنیا را داشته است.»
براساس گفتههای او در سال ۲۰۱۸ دانشگاههای تهران، امیرکبیر، پزشکی تهران، صنعتی شریف، تربیت مدرس، صنعتی اصفهان، علم و صنعت ایران، فردوسی مشهد، شیراز، تبریز، پزشکی شهید بهشتی، علوم و تحقیقات تهران، شهید بهشتی، صنعتی خواجه نصیر، اصفهان، گیلان، کاشان، پزشکی اصفهان، پزشکی شیراز، پزشکی تبریز، پزشکی مشهد، بوعلی سینا و شهید باهنر کرمان در جمع دانشگاههای برتر دنیا قرار داشتند و در سال ۲۰۱۷ نیز تقریبا نام همین دانشگاهها در لیست دانشگاههای برتر قرار گرفته بود.
یکی دیگر از نکات قابلتوجهی که در صحبتهای دهقانی وجود داشت، تکرار روند حضور اسامی دانشگاههای ایران جزء دانشگاههای برتر در سال ۲۰۱۶ بود، بهگونهای که در رتبهبندی لایدن در سال ۲۰۱۶ نیز تعداد ۱۴ دانشگاه تهران، صنعتی امیرکبیر، علوم پزشکی تهران، صنعتی شریف، تربیت مدرس، علم و صنعت ایران، صنعتی اصفهان، دانشگاه شیراز، فردوسی مشهد، تبریز، شهید بهشتی، علوم پزشکی شهید بهشتی، خواجه نصیرالدین طوسی و اصفهان در این رتبهبندی قرار داشتند و این نشان از ثبات علمی کشور و حرکت رو به جلوی دانشگاههای ایران دارد.
هرچند اگر قرار باشد نگاهی به سه سال پیش رتبهبندی لایدن داشته باشیم، باید بگوییم که در سال ۲۰۱۵ تنها ۱۳ دانشگاه در لیست اسامی منتشرشده از سوی این نظام رتبهبندی قرار داشت که از جمله آنها میتوان به امیرکبیر، شریف، تبریز، علم و صنعت ایران، تهران، شهید بهشتی، تربیت مدرس، شیراز، فردوسی مشهد و علوم پزشکی تهران اشاره کرد و در سال قبلتر از آن نیز این تعداد به ۱۲ دانشگاه رسیده بود و دانشگاههای امیرکبیر، تبریز، شریف، علم و صنعت ایران، صنعتی اصفهان، تهران، شهید بهشتی، تربیت مدرس، فردوسی مشهد، شیراز، علوم پزشکی تهران و دانشگاه آزاد اسلامی را شامل میشد.