دوران امامت امام صادق علیه السلام را می‌توان دوره شکوفایی علمی و فرهنگی جامعه اسلامی و بویژه جامعه شیعی نامید.عوامل و زمینه‌های موجود در این دوره شرایط مناسبی را برای ترویج و بسط و گسترش انواع علوم دینی و غیر دینی را در جامعه مسلمانان پدید آورد که در این میان امام صادق علیه السلام با ایجاد نهضتی علمی توانست حرکت عظیمی را در حیات اجتماعی مسلمانان آغاز و پایه ریزی کند. به واقع آن حضرت با تأسیس دانشگاهی بزرگ توانست آثار بزرگی را تولید و شاگردان مبرزی را تربیت نماید که برکات آن همواره در دنیای اسلام باقی بماند.
با نگاهی به سخنان و نوشته‌های علمای بزرگ مسلمان اعم از شیعه و سنی می‌توان نخست به عظمت شخصیت علمی آن حضرت و ثانیاً نهضت علمی و فرهنگی که امام صادق (ع) راه اندازی کرد، پی برد.
شیخ مفید که از علمای بزرگ شیعه محسوب می شود، دراین باره می‌نویسد: به قدری علوم از آن حضرت نقل شده که زبانزد مردم گشته و آوازه آن همه جا پخش شده است و از هیچ یک از افراد خاندان او، به اندازه او علم و دانش نقل نشده است. (الارشاد،شیخ مفید،ص 270)
در مجالس درس آن حضرت علاوه بر پیشوایان مذاهب فقهی مانند ابو حنیفه و مالک، فلاسفه و طلاب علوم فلسفه از مناطق دور دست می‌شدند، حسن بصری مؤسس مکتب فلسفی بصره و واصل بن عطا مؤسس مذهب معتزله از شاگردان آن حضرت بودند.
ابو حنیفه پیشوای مشهور فرقه حنفی که خود در محضر امام صادق علیه السلام تلمذ نموده درباره آن حضرت می‌گوید: من دانشمند‌تر از جعفر بن محمد ندیده ام. (سیره پیشوایان در آینه تاریخ،مهدی پیشوایی ص 96 و 97)
محمد شهرستانی صاحب کتاب معروف الملل و النحل که از فلاسفه و متکلمین بزرگ اهل سنت است،درباره عظمت و جایگاه علمی امام صادق علیه السلام می‌گوید: او علمی جوشان و در حکمت ادبی کامل داشت، انسانی فوق العاده زاهد و با تقوا  بود و از شهوات پرهیز داشت ودر مدینه بر دوستان خود اسرار علوم را افاضه می‌کرد و غرق در بحر معرفت و علوم بود. ( سیری در سیره ائمه اطهار، شهید مطهری، ص 132)
میر علی هندی از علمای معاصر اهل سنت نیز درباره نقش امام صادق(ع) در نهضت علمی که در آن دوره در جامعه اسلامی اتفاق افتاد، می‌گوید: انتشار علوم در آن زمان کمک کرد که فکر‌ها آزاد شدند و پابند‌ها از فکر‌ها گرفته شد. مناقشات فلسفی و تعقلی در تمام جوامع اسلامی عمومیت پیدا کرد و نباید فراموش کنیم که آن کسی که این حرکت فکری را در دنیای اسلام رهبری کرد، نواده علی بن ابی طالب، همان که به نام امام صادق معروف است، بود. او مردی بود که افق فکرش بسیار باز بود و فوق العاده به علوم زمان خودش توجه داشت و در حقیقت اول کسی است که مدارس علوم عقلی را در دنیای اسلام تأسیس کرد. (سیری در سیره ائمه اطهار،شهید مطهری ص 135)
بدیهی است که شرایط موجود در آن عصر زمینه را برای فعالیت علمی و فرهنگی بیش از پیش اهل بیت علیهم السلام فراهم ساخته بود و اوضاع سیاسی و اجتماعی آن دوره در این زمینه بسیار اثر گذار بود.
در این دوره با ظهور عباسیان و قیام بنی عباس علیه امویان شرایط به گونه‌ای رقم خورد که بنی امیه به دلیل گرفتاریهای سیاسی بوجود آمده فرصت ایجاد فشار و اختناق عیه امامان معصوم علیهم السلام را از دست دادند و با آزادی محدود و کوتاه مدتی که بوجود آمد امام صادق علیه السلام از این فرصت به بهترین شکل استفاده کرد و نهضتی علمی را بنیان نهاد. از دیگر عواملی که زمینه ساز ایجاد این مکتب بزرگ علمی شد می‌توان به ظهور مکاتب و فرقه‌های مختلف با‌ آراء و اندیشه‌های گوناگون نظیر معتزله، مرجئه، جبریه، غلات، زنادقه، متصوفه و... اشاره کرد و در حقیقت در آن عصر، بازار جنگ عقاید داغ بود.
محیط آن روز جامعه اسلامی یک محیط صددرصد مذهبی بود و مردم تحت انگیزه‌های مذهبی بودند، ضمن اینکه در آن عصر نژاد‌های مختلف وارد دنیای اسلام شده بودند که این‌ها سابقه فکری و علمی داشتند و اهل علم و دانش بودند و به ترویج آن نیز بسیار کمک کردند. علاوه بر این تسامح دینی یا همزیستی مسالمت آمیز مسلمانان با اهل کتاب و پیروان ادیان دیگر نیز از مهم‌ترین عوامل رشد و شکوفایی علم و دانش در آن دوره به شمار می‌رود. در آن زمان اهل کتاب مردمی دانشمند و مطلع بودند و مسلمانان با آنان برخورد علمی داشتند و این خود جلسات بحث و بررسی و مناظره را به دنبال داشت. ( سیری در سیره ائمه اطهار، ص 140)
امام صادق علیه السلام با استفاده از این عوامل و زمینه‌ها دانشگاه بزرگی را تأسیس نمود که در آن رشته‌های مختلف علوم عقلی و نقلی آن روز مانند فقه،حدیث، تفسیر، کلام، نجوم، منطق، ریاضیات، طب و... دایر بود و شاگردان برجسته‌ای همچون هشام بن حکم، محمد بن مسلم، ابان بن تغلب، هشام بن سالم، مفضل بن عمر، جابربن حیان و ... در آن مکتب تربیت شدند که تعداد آنها را بالغ بر چهار هزار نفر ذکر کرده‌اند. (الارشاد، شیخ مفید،ص 271)
به عنوان مثال هشام بن حکم از شاگردان آن حضرت  اعجوبه ای بوده که بر تمام متکلمین زمان خود برتری داشته است که بنا به قولی در آن دوره 31 جلد کتاب نوشته بود و جابر بن حیان نیز که بیش از دویست جلد کتاب در زمینه‌های گوناگون به ویژه علوم عقلی و طبیعی و شیعی تصنیف کرده بود یکی از شاگردان مکتب امام صادق علیه السلام به شمار می رود.
در دوره امام صادق علیه السلام بود که شیعیان اهتمام جدی نسبت به مسایل تعقلی پیدا کردند، نگاهی به کتب حدیثی شیعه که بخش عمده‌ای از احادیث آن در دوران امام صادق علیه السلام صادر شده است نشان می‌‌دهد که شیعه در این دوره به مسایل عقلی توجه زیادی داشته به طوریکه در اغلب کتب حدیثی یکی از مهم‌ترین ابواب، کتاب العقل و الجهل است. امام صادق علیه السلام با فرصتی که در این دوره پیدا کرد با تمام تلاش مواریث اجداد خود را حفظ نمود و بر آن مواریث افزود. علاوه بر این بحث در کتب حدیث شیعه مبحث توحید نیز جایگاه خاصی دارد. ما می‌‌بینیم صدها و بلکه هزارها بحث در باب و صفات خداوند ومسایل مربوط به شؤون الهی و قضا و قدر و جبر و اختیار و مسایل تعقلی در کتب حدیث شیعه مطرح است که در کتب دیگر وجود ندارد. اینها سبب شده که گفته‌اند اولین کسی که مدارس فلسفی را ( مدارس عقلی را) در دنیای اسلام تأسیس کرد امام جعفر صادق علیه السلام بود ( سیری در سیره ائمه اطهار،شهید مطهری، ص 137)
امام صادق علیه السلام هر یک از شاگردان خود را در رشته‌ای که با ذوق و قریحه او سازگار بوده تشویق و تعلیم می‌‌نمود و در نتیجه هر کدام از آنها در یک یا دو رشته از علوم مانند حدیث، تفسیر، کلام و ... تخصص پیدا می‌‌کردند، گاهی امام دانشمندانی را که برای بحث و مناظره مراجعه می‌‌کردند، راهنمایی می‌‌کرد، تا با یکی از شاگردان که در آن رشته تخصص داشت مناظره کنند.
مجالس درس آن حضرت به دو صورت عمومی و خصوصی برگزار می‌‌شد و وسعت زیادی داشت، در وسعت مجالس درس امام علیه السلام همین بس که حسن بن علی بن زیاد وشاء از شاگردان امام رضا علیه السلام و از محدثان بزرگ می‌‌گوید: در مسجد کوفه نهصد نفر استاد حدیث مشاهده کردم که همگی از جعفر بن محمد(ع) حدیث نقل می‌‌کردند.
یکی از مجالس درس عمومی امام صادق علیه السلام" مسجد نبوی" بوده است. بنا به قرائن تاریخی در آن زمان محدثان و فقهاء در مسجد نبوی به تشکیل حلقه‌های درسی اقدام کرده و به نقل حدیث یا صدور فتوی می‌‌پرداخته‌اند. با توجه به اختناق حاکم بر ضد شیعیان، امام صادق ( ع) نیز همانند سایر مشایخ از آزادی برای تشکیل کلاس در س برخوردار نبودند، اما طبق پاره‌ای از شواهد مسجد نبوی از مراکز اصلی ملاقات‌های امام صادق علیه السلام و پدرش امام باقر علیه السلام با عامه مردم و بویژه شیعیان بوده است. علاوه بر این شواهد متعددی وجود دارد که نشان می‌دهد حضرت به صورت جمعی و فردی در خانه خود پذیرای مراجعان بوده و ضمن دیدار با آنها به سؤالات یا اشکالاتشان پاسخ می‌داده‌اند. اصولاً روایاتی که مطلع‌ آنها عبارت از « دخلت علی ابی عبدالله» می‌باشد، همگی بیانگر ورود افراد به محضرحضرت، در خانه آن بزرگوار می‌باشد. همچنین با مطالعه در سیره حضرت مشاهد می‌شود که َآن بزرگوار از حج و مواقف آن برای تماس با یاران خود و حتی دیدار با مخالفان مذهب استفاده زیادی می‌کرد، چنانکه این مطلب در سیره امامان دیگر نیز مشاهده می‌گردد. فلسفه استفاده آن حضرت از این ایام، علاوه بر درک فضیلت حج، کم شدن کنترل‌ها‌ی حکومتی بوده است، چنانکه شیخ مفید از اجتماع گروهی از زنادقه در مسجد الحرام و برخورد و گفتگوی امام صادق با آنان خبر داده است. امام صادق علیه السلام علاوه بر مجالس عمومی، جلسات خصوصی و ملاقات‌هایی را به طور فردی یا جمعی با شیعیان و خواص یاران خود داشته‌اند. این گونه نشست‌ها اکثراً در خلوت‌ها و زوایا به صورت غیر رسمی برگزار میشد. با توجه به شواهد، اکثر ملاقات‌های یاران حضرت با آن بزرگوار در ایام حج واقع میشد که نگاهی به کتب حدیثی و روایات مرتبط این حقیقت را بیش‌تر روشن می‌کند. ( تاریخ عمومی حدیث، دکتر مجید معارف، ص 234 و 236)
آری در همین مجالس درس بود که شاگردان بزرگی تربیت شدند و توانستند در تاریخ اسلام آثار علمی مهمی را بر جای گذارند. حرکت و نهضت علمی و فرهنگی امام صادق علیه السلام توانست به شکل عجیبی احیاگر سنن و علوم اهل بیت علیهم السلام باشد که تا آن زمان به دلایل مختلف بخش عظیمی از آن پنهان مانده بود به طوریکه تحقیقاً می‌توان گفت ریشه حرکت‌های علمی دنیای اسلام اعم از شیعه و سنی مربوط به دوره امام صادق علیه السلام است. علاوه برحوزه‌های دینی و علمی شیعه، حوزه‌های سنی هم مولود مکتب امام صادق علیه السلام است، به طوریکه « جامع ازهر» که هزار سال ازتشکیل آن می گذرد، توسط شیعیان فاطمی راه اندازی شد و از مکتب امام صادق علیه السلام انشعاب گرفت.ح/الف