دانشگاه علوم پزشکی استان سمنان به استناد تاییدیه معاونت تحقیقات و فناوری وزارت متبوع از بین متقاضیان به ادامه تحصیل در مقطع دکتری پژوهشی در مراکز تحقیقات زیر ، پس از قبولی در آزمون کتبی وزارت متبوع و مصاحبه دانشجو می پذیرد.

1- مرکز تحقیقات فیزیولوژی (1 نفر) . محور تحقیقاتی در حوزه علوم اعصاب است.

2- مرکز تحقیقات سرطان ( ا نفر). محور تحقیقاتی در حوزه بیولوژی سرطان است.

لازم به ذکر است امکان انجام بخشی از پروژه تحقیقاتی در دانشگاه های خارج از کشور در قالب پروژه های تحقیقاتی مشترک بین دانشگاه علوم پزشکی استان سمنان و دانشگاه طرف خارجی وجود دارد.