بنا بر آخرین رده بندی نظام ارزیابی لایدن ، دانشگاه فردوسی مشهد در سال ۲۰۱۸ برای نخستین بار در فهرست ۵۰۰ دانشگاه برتر جهان قرار گرفت .

نظام ارزیابی لایدن یکی از نظام های معتبر ارزیابی دانشگاهی است که هر ساله دانشگاه‌های برتر دنیا را بر اساس شاخص های معتبر علم سنجی مورد ارزیابی و رتبه‌بندی قرار می دهد. در سال ۲۰۱۸ ، دانشگاه‌های دنیا در ۹ شاخص در قالب دو معیار کلی مرجعیت علمی و دیپلماسی علمی در لایدن مورد رتبه‌بندی قرار گرفتند. این ارزیابی ها از تولیدات علمی دانشگاه‌ها در سال های ۲۰۱۳ الی ۲۰۱۶ از پایگاه اطلاعاتی Web of Science استفاده کرده است .

معیار مرجعیت علمی (تاثیر علمی) از شاخص‌هایی چون مقالات یک درصد برتر، مقالات ۵ درصد برتر، مقالات ۱۰ درصد برتر و مقالات ۵۰ درصد برتر بهره گرفته است .

معیار دیپلماسی علمی نیز از شاخص هایی چون همکاری علمی، همکاری بین‌المللی، همکاری صنعتی، همکاری علمی با فاصله جغرافیایی کمتر از ۱۰۰ کیلومتر و همکاری علمی با فاصله جغرافیایی بیشتر از ۵۰۰۰ کیلومتر استفاده کرده است .

بر اساس این نظام رده بندی دانشگاه فردوسی مشهد از رتبه ۵۰۹ در سال ۲۰۱۷ به رتبه ۴۷۸ ارتقا یافته است و در سطح داخلی از رتبه چهارمین دانشگاه جامع کشور به رتبه سومین دانشگاه جامع کشور ارتقا یافت .

یادآور می شود در رتبه‌بندی سال جاری این نظام، تعداد ۲۳ دانشگاه از ایران در جمع ۹۳۸ دانشگاه برتر جهان قرار گرفتند و کشور ترکیه دارای ۱۹ دانشگاه، مالزی دارای پنج و عربستان دارای چهار دانشگاه بوده‌اند .