دانشگاه تحصیلات تکمیلی در علوم پایه زنجان نخست با نام «مرکز تحصیلات تکمیلی در علوم پایه» با مجوز وزارت فرهنگ و آموزش عالی در سال ۱۳۷۱ تاسیس شد. هدف آن ایجاد یک محیط آموزشی و پژوهشیِ پویا و زاینده بود، محیطی که در آن آموزشِ علوم پایه در عالی ترین سطح، و پژوهش های بنیادی و کاربردی در آن در مرز یافته ها و نیافته های دانش جهانی باشد..

کتاب "علوم پایه زنجان" داستان بنیانگذاری مرکز و دانشگاه تحصیلات تکمیلی علوم پایه زنجان به روایت آقای دکتر یوسف ثبوتی بنیانگذار این دانشگاه است که به کوشش خانم ماندانا فرهادیان فراهم آمده و در سال ۱۴۰۱ توسط نشر نی در ۴۹۵ صفحه منتشر شده است.

دکتر یوسف ثبوتی عضو پیوسته فرهنگستان علوم، استاد دانشگاه تحصیلات تکمیلی علوم پایه در زنجان و از چهره های ماندگار فیزیک و اخترفیزیک کشور است.