در فاصله میان فاجعه مدرسه فیضیه و ماه محرم (۲ فروردین تا ۴ خرداد ۴۲) مبارزه امام اغلب در قالب صدور اعلامیه‌های متعدد بود. فرا رسیدن ماه محرم وضعیت را به یک رویارویی گسترده کشانید. ایام محرم بهترین موقع برای افشای جنایات رژیم و برنامه‌های ضد اسلامی شاه بود. ساواک که از جایگاه ویژه این ماه اطلاع داشت، پیش از آغاز آن، بسیاری از وعاظ را احضار و آنان را ملزم کرد که در محافل و مجالس:

''۱-علیه شاه سخن نگویید.

۲- علیه اسرائیل مطلبی نگویید.

۳- مرتب به مردم نگویید که اسلام در خطر است. ''

امام خمینی در نشستی با مراجع و علمای قم پیشنهاد کرد در روز عاشورا هر یک از آنها برای مردم و عزاداران حسینی سخنرانی کرده و از مظالم و جنایات رژیم پرده بردارند. امام خود نیز علیرغم تهدید رژیم، در ساعت ۴ بعد از ظهر عاشورای ۴۲ که مصادف با ۱۳ خرداد آن سال بود برای ایراد سخنرانی به طرف مدرسه فیضیه رهسپار شد.

ایشان پس از بیان فجایع دلخراش کربلا، حمله دژخیمان شاه به فیضیه را به واقعه کربلا تشبیه نمود و آن فاجعه را به تحریک اسرائیل دانست و رژیم شاه رادست نشانده اسرائیل خواند. امام همچنین با اشاره به التزام گرفتن ساواک از وعاظ که به شاه و اسرائیل بدگویی نکرده و نگویید اسلام در خطر است اظهار داشت: «تمام گرفتاریهای و اختلافات ما در همین سه موضوع است … اگر ما نگوئیم اسلام در خطر است آیا در معرض خطر نیست؟ اگر ما نگوییم شاه چنین و چنان است آیا این طور نیست؟ اگر ما نگوییم اسرائیل برای اسلام و مسلمین خطرناک است آیا خطرناک نیست؟ و اصولاً چه ارتباطی و تناسبی بین شاه و اسرائیل است که سازمان امنیت می گوید از شاه صحبت نکنید، از اسرائیل صحبت نکنید؟ آیا به نظر سازمان امنیت شاه اسرائیلی است؟»

سخنان کوبنده و افشا گرانه امام، شاه را پیش از پیش نزد مردم تحقیر و رسوا کرد. دو روز پس از این سخنرانی در سحرگاه ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ امام به دستور شاه در منزل مسکونی خود در قم دستگیر و بلافاصله به تهران آورده شد وی را نخست در سلول انفرادی، زندانی و سپس به یک پادگان نظامی که تحت مراقبت کامل بود منتقل نمودند.

چگونگی قیام ۱۵ خرداد

به دنبال انتشار خبر بازداشت امام در سحرگاه ۱۵خرداد ۱۳۴۲ به مناسبت سخنرانی تاریخی امام که علیه اسرائیل و رژیم شاه بوده از نخستین ساعات روز ۱۵خرداد، اعتراضات گسترده‌ای در قم، تهران، ورامین، مشهد و شیراز برگزار شد که با شعارهایی بر ضد شاه و در طرفداری از امام همراه بود.

ماموران نظامی که در نقاط مرکزی و حساس شهرهای قم و تهران مستقر بودند به روی تظاهر کنندگان آتش گشودند. مردم نیز با چوب‌ و سنگ به دفاع ازخود برخاستند. تظاهرات در آن روز و دو روز بعد نیز ادامه یافت و هزاران نفر از مردم کشته و مجروح شدند. فجیع‌ترین حادثه، قتل عام دهقانان کفن‌پوش ورامینی بود که در پشتیبانی از امام راهی تهران شده بودند. ماموران نظامی در سر پل باقرآباد با آنها روبرو شده و با سلاحهای سنگین آنها را قتل عام کردند و به شهادت رساندند .